In ATS c'è molta attenzione al tema della qualità. Nel 2005 la società ha adottato come Sistema di Gestione per la qualità quello proposto dallo standard internazionale ISO 9001 e ha ottenuto la certificazione da parte della società SQS – Associazione Svizzera per Sistemi di Qualità e di Management.

Nel 2010 ATS ha recepito l'aggiornamento della norma ISO 9001:2008 che ha annullato e sostituito la precedente versione ISO 9001:2000 e che era stata utilizzata da ATS per la certificazione iniziale del Sistema Qualità.

Il Sistema Qualità di ATS si propone di sviluppare una cultura aziendale orientata all'eccellenza e di attuare delle modalità gestionali che portino al continuo miglioramento dei progetti, dei servizi e dei prodotti, nell'ottica della massima soddisfazione del Cliente e del rispetto dei tempi di consegna, dei costi di produzione e dei requisiti specificati in sede contrattuale.